De beste DNA-test vinden: moet ik aan genotypering of de sequentie methode de voorkeur geven.
Al eerder berichtte ik op deze site dat Ancestry.com is overgegaan op whole genome sequencing (WGS) en ik stelde toen dat dit invloed zou krijgen op bekende genoom-technieken waarbij vooral micro-array technieken gebruikt worden. Inmiddels wordt whole genoom sequencing al aangeboden voor $ 160 door Ancestry. Dit is een prijs die voor enkele jaren gelden ondenkbaar leek. Gaat WGS op den duur de micro-array technieken verdringen. Een discussie is onlangs gestart welke van deze
methoden vooral bij de genealogie de voorkeur geniet.
De eerste vraag is wat is het verschil tussen genotypering en sequentiebepaling.
De meeste DNAbedrijven zoals Ancestry.com tot 23andme, zijn allemaal genotyperings-bedrijven. In dit geval
analyseert men slechts een klein deel van het totale DNA.
Er zijn drie basismanieren waarop men DNA kan testen:.
♦ Whole Genome Sequencing (“WGS”) is precies dat wat deze frase zegt. Alle bases van de DNAketen worden bepaald. Interessant is dat slechts ongeveer 2% van uw genoom bekend staat als “coderend DNA”, dat is DNA dat codeert voor de eiwitten die al onze cellen vormen. De rest, is het “niet-coderend DNA” Dit werd lang beschouwd als junk-DNA, maar nu we meer weten over onze
genetica, weten we nu dat deze regio’s een enorm belangrijke functie hebben bij het reguleren van de coderende delen van het DNA. begrip van deze junk-regio’s en hun interacties is
♦ Whole Exome Sequencing (WES) analyseert sequenties alleen in die gebieden van DNA die coderen voor eiwitten. Dit is goed voor ongeveer 2% van het hele genoom.
♦ Vervolgens over genotypering. Hier wordt informatie verzameld voor een zorgvuldig geselecteerd aantal bases. Deze bases worden meestal geselecteerd omdat ze locaties vertegenwoordigen waar bepaalde sequenties met kenmerken associëren. Maar er zijn enorme delen van het exoom, laat staan het genoom dat niet wordt gedekt. Genotypering pikt alleen de belangrijke haltes op de snelweg op die actief zijn. 23andMe, Ancestry.com en de meeste andere diensten zijn allemaal genotyperingsbedrijven. Men analyseert slechts bepaalde interessante punten in her DNA en door te zoeken naar variaties (polymorfismen) die aanleiding geven tot de term Single Nucleotide Polymorphism (SNP). De hoeveelheid genoom die worden onderzocht zijn slechts een klein deel van
het totale DNA, ongeveer 0,03%!
Welke genotyperingservice is de beste?
Er zijn enkele verschillen waarop de gegevens worden gepresenteerd, en hun specifieke focus.
Ancestry.com, kan relevanter zijn voor genealogisch onderzoek. terwijl 23andMe meer op gezondheid gebaseerde informatie is gericht . Ancestry is het beste voor zoekopdrachten in de stamboom.
Ancestry.com heeft de voorkeur voor diegenen die een stamboom proberen op te bouwen of een verre verwant zoeken. Het bedrijf beschikt over een database van meer dan 5 miljoen waarmee gebruikers records kunnen vinden van diegenen die mogelijk verwant zijn. Voor alle duidelijkheid, het is meer de techniek dan het gegevens voordeel, daar beide services zeer vergelijkbaar zijn.
23andme is- het beste voor gezondheidsonderzoek
23andme heeft hoewel wat duurder de voorkeur om gezondheidsgegevens aan klanten presenteren.
23andme-gebruikers hebben bijvoorbeeld toegang tot een sectie genetische gezondheid risico’s, waarin het genetische risico voor aandoeningen zoals late aanvang van de ziekte van Alzheimer en leeftijdsgebonden macula degeneratie wordt geschetst. Het bedrijf heeft zelfs een nieuw rapport opgenomen met risicofactoren voor coeliakie .
De echte waarde van genotype-gegevens is het onbewerkte gegevensbestand.
Maar de echte kracht van uw genotype-gegevens (althans voor ons met een gezondheidsfocus) komt met het onbewerkte gegevensbestand, dat kan worden geanalyseerd door externe DNA-bedrijven met een gezondheidsfocus ( Genetic Genie , Promehease , Livewello en Gene Food die voedingsadviezen geeft.
Aangezien zowel 23andMe als Ancestry.com toegang bieden tot onbewerkte gegevens, is er weinig verschil tussen de twee. Zelfs het aantal geanalyseerde SNP’s is opmerkelijk vergelijkbaar met de meest recente 23andMe-kit die ~ 670.000 SNP’s analyseert en Ancestry.com voor ~ 700.000 SNP’s.
Dus hoe zit het met sequentieonderzoek?
De persoonlijke sequentiebepaling is de volgende grote stap in gepersonaliseerde geneeskunde. Hoewel de hierboven beschreven geno-typeringsdiensten veel mogelijkheden bieden wordt slechts een fractie van het exoom (het coderende gebied van het genoom) en een minuscule fractie van het hele genoom geanalyseerd. Theoretisch zou toegang tot uw WGS of zelfs WES methode Theoretisch de WGS of zelfs WES dus meer genetische afwijkingen kunnen signaleren En er zijn diensten beschikbaar zoal Veritas Genetics en Gene by Gene .
.
Direct naar WGS-opties voor consumenten
Er zijn enkele bedrijven die rechtstreeks aan consumenten WGS aanbieden. FullGenomes , Dante Labs en Guardiome (die lijken te beginnen). Alle drie bieden WGS aan en leveren uw onbewerkte gegevens voor redelijke prijzen. De interpretatie van deze onbewerkte gegevens zal echter zeer beperkt zijn. Hoewel alle drie de diensten gecureerde analyses aanbieden, lijkt dit beperkt te blijven tot dezelfde informatie die wordt gedekt door de veel goedkopere genotyperingsbedrijven. Bovendien wordt geautomatiseerde analyse van de onbewerkte gegevens met behulp van services zoals Livewello momenteel niet ondersteund. Dus tenzij men een praktiserende bio-informaticus is die deze enorme datasets kan analyseren, betaalt men voor verdere analyse en dit is waar de kosten aanzienlijk kunnen oplopen.
Hele exome-sequencing?
Gaat het beter met WES? Onthoud dat de exoom-sequentiebepalers uitsluitend coderende DNA leveren. Een optie hier is een recent geopende startup genaamd Helix , die WES op een andere manier benadert. Deze optie blijkt echter problemen te geven.
mygenefood.com/blog